一、经典放射性EMSA技术

EMSA （Electrophoretic Mobility Shift Assay, 凝胶迁移或电泳迁移率实验）是一种研究核酸（DNA/RNA）结合蛋白活性的经典技术， 可用于定性和定量分析。这一技术最初用于研究DNA结合蛋白，目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。 通常将纯化蛋白或细胞粗提液和P32同位素标记的DNA或RNA探针一同保温，在非变性的聚丙烯凝胶电泳上， 分离复合物和非结合的探针。DNA-复合物或RNA-复合物比非结合的探针移动得慢。同位素标记的探针依研究的结合蛋白的不同， 可是双链或者是单链。当检测 如转录调控因子一类的DNA结合蛋白，可用纯化蛋白，部分纯化蛋白，或核细胞抽提液。在检测RNA结合蛋白时， 依据目的RNA结合蛋白的位置，可用纯化或部分纯化的蛋白，也可用核或胞质细胞抽提液。竞争实验中采用含蛋白结合序列的DNA或 RNA片段和寡核苷酸片段（特异）， 和其它非相关的片段（非特异），来确定DNA或RNA结合蛋白的特异性。在竞争的特异和非特异片段的存在下，依据复合物的特点和强度来确定特异结合。

EMSA原理如右边示意图：

二、非放射性EMSA（Non-radioactive EMSA）技术

由于放射性同位素在使用、存放与操作上的问题，非放射性EMSA得到了广泛运用。随着检测技术的不断进步， 非放射性EMSA的检测灵敏度已经超过了放射性EMSA；放射性EMSA需要对感光胶片曝光1-2天才能够看到清晰图像，而ECL EMSA 或近红外荧光EMSA都能够在1-3分钟获得结果。

非放射性EMSA的工作原理与放射性EMSA相同，但所用DNA/RNA探针的特性有很大不同，操作步骤有很大区别。

1）非放射性标记探针需要仔细设计与制作 P32放射性同位素用于标记的探针时，是代替核酸中的P31，两者的差别只有一个电子。放射性探针对核酸的影响微乎其微。 非放射性EMSA有采用对非标记探针进行染色的技术，如Invitrogen的。但因其灵敏度低而且还只能用于纯化的样品， 实验受限。常用的非放射性EMSA常用生物素，地高辛或荧光素标记的探针。这些标记会对探针产生较大影响，而致EMSA测定失败（见非放射性探针问题）。

2）非放射性EMSA与放射性EMSA操作有很大不同。EMSA的成功与很多因素有关，任何一个环节出错都可以导致实验失败（请见EMSA常见问题与解决措施）

 1. Briggs M R et al 1986 Science 234, 47.
2. Lee W et al 1986 Cell 49, 741. ·
3. Williams T et al 1989 Genes Dev 2, 1557. ·
4. Sen R and Baltimore D 1986 Cell 46, 705. ·
5. Parlsow T G et al 1984 Proc Natl Acad Sci USA 81, 2650. ·
6. Montminy M R et al 1986 Proc Natl Acad Sci USA 83, 6682.