【Pulldown类别】

A. 依据实验目的是为了鉴定DNA结合蛋白或RNA结合蛋白，Pulldown分为DNA Pulldown 与RNA Pulldown两类，这个不难理解。

B. 依据标记探针的结合对象，Pulldown可分为直接法与间接法两类：如果短链标记探针与蛋白直接结合并对所抓取的蛋白进行分析鉴定的实验称 为直接Pulldown。如果短链标记探针不与蛋白质直接结合，而是通过分子杂交与目标DNA/RNA结合，分析鉴定与目标DNA/RNA结合的 蛋白质分子的方法称为间接Pulldown。

直接法Pulldown是检查已知结合序列的探针与相应结合蛋白的结合，检测意义与EMSA相似，但可准确确定核酸/蛋白复合物的组分以及结合蛋白家族成员的亚单位。

间接法Pulldown可用于；

1探测与长链DNA或RNA分子结合的已知或未知蛋白。

2）确定与长链DNA或RNA分子结合的多种蛋白成分，

3）用于分析与各种非编码RNA（circRNA、lncRNA、eRNA等）或DNA结合的蛋白。

C. Pulldown所抓取蛋白可以通过 1）对解离液进行质谱（Liquid-MS），2）可以通过WB进行鉴定，或 3）先用SDS PAGE 或双向电泳分离，再考马斯亮蓝染色，用从染色胶上切蛋白带进行质谱鉴定（Gel-MS）。我们将这三种抓取蛋白的鉴定方法，分别称为 Pulldown-LM，Pulldown-WB 与 Pulldown-GM，以示区别。

【直接与间接Pulldown的比较】见下表：